Ny analys av blodprov kan ge bättre cancervård

Ny metod för blodprov

I en studie har nu forskare vid Chalmers tekniska högskola och Göteborgs universitet utvecklat en ny metod som gör att det går analysera prover med så lite som 5 procent cancer-DNA i blodet.

Den nya metoden kan leda till bättre cancervård och större möjligheter att följa tumörers utveckling.

”Vi ville ta fram en metod som fungerar särskilt bra i svåra fall när det finns väldigt lite cancer-DNA i blodet och mycket så kallat brus, det vill säga främst friskt DNA. Våra resultat visar att den nya metoden fungerar bättre när det gäller dåliga prover där andelen cancer-DNA ligger runt 5 procent. Den fungerar alltså precis som vi hoppats”, säger Lotta Eriksson i pressmeddelandet.

Hon är doktorand vid institutionen för matematiska vetenskaper vid Chalmers och Göteborgs universitet.

Den nya metoden, kallad BayesCNA, kan ta fram information som tidigare inte syntes i prover med låg kvalitet.

Det kan ge mer detaljer om en tumörs sammansättning och bidra till bättre förståelse av hur en patients cancer förändras över tid.

”När behandlingen fungerar minskar mängden cancer-DNA i blodet kraftigt. Då blir det svårare att både upptäcka cancern och följa hur den förändras. För att få en tydligare bild av hur patienten svarar på behandling är det viktigt att kunna analysera prover med låga halter av cancer-DNA”, säger Eszter Lakatos i pressmeddelandet.

Med hjälp av statistik

Metoden har utvecklats för att analysera data från så kallad lågupplöst helgenomsekvensering, en teknik som ger en översiktlig bild av DNA-strukturen och har stora ekonomiska fördelar, men som ger begränsad information på grund av låg datakvalitet.

”Man kan jämföra det med att bläddra igenom en bok i stället för att läsa den noggrant. Vi får en överblick över DNA-strukturen, men ingen detaljerad bild”, säger Eszter Lakatos.

Den nya metoden kan dock förstärka de väldigt svaga signaler som finns i den här typen av prover med hjälp av en statistisk algoritm.

”I dag löser man mycket med maskininlärning, och vi testade sådana metoder först. Men till vår förvåning visade det sig att klassisk statistik fungerade bättre i det här fallet, vilket gjorde oss matematiker och statistiker extra glada”, säger Lotta Eriksson. 

Forskningen går vidare

Nästa steg för forskarna är att analysera informationen om tumörers sammansättning som den nya metoden ger och utveckla ytterligare en metod för identifiering av dolda egenskaper hos cancern som påverkar hur patienten svarar på behandlingen.

”Om vi kan visa att den här informationen är användbar kan det förhoppningsvis leda till fler samarbeten och att vår metod används bredare inom forskningen. På sikt hoppas jag att metoderna vi utvecklar kan användas i kliniska studier och förhoppningsvis göra skillnad för vården av cancerpatienter”, säger Eszter Lakatos i pressmeddelandet.

Läs mer på E55: Svenskt genombrott i kampen i kampen mot Alzheimers

Läs mer på Dagens PS: Studie: Enkelt blodprov upptäcker cancer i tidigt skede

Läs mer på Dagens PS: Kommer blodprov för tidig upptäckt av cancer verkligen rädda liv?

Läs mer på Realtid: Han vill bota cancer med patientens egna T-celler